Tři pamětní místa věnovaná Janu Masarykovi se nacházejí v prostorách Ministerstva zahraničních věcí ČR v Černínském paláci – připomínají jeho působení v diplomacii i tragický skon.
Bronzová deska s reliéfem Jana Masaryka je od roku 1990 umístěna v chodbě vpravo od hlavního vchodu do budovy Černínského paláce. Jejím autorem je akad. sochař Pavel Malovaný. Dvanáct let poté, 7. března 2002, odhalil v přízemí budovy ministr zahraničí Jan Kavan na slavnostním shromáždění bronzovou bustu Jana Masaryka, jejímž autorem je sochař Jan Kolář. Bustu věnoval ministerstvu bývalý Masarykův tajemník JUDr. Antonín Sum (1919–2006). Z jeho iniciativy byla u příležitosti 55. výročí Masarykovy smrti v roce 2003 odhalena pamětní deska vsazená do dlažby nádvoří Černínského paláce v místě, kde byl Masaryk nalezen mrtev. Toto nádvoří nese dnes také Masarykovo jméno.

Za ne zcela objasněných okolností byl Jan Masaryk (1886–1948), syn prezidenta T. G. Masaryka, československý vyslanec v Londýně (1925–1938), ministr zahraničních věcí (1940–1948), nalezen 10. března 1948 mrtev pod okny svého služebního bytu v Černínském paláci. Během únorové krize  se jako ministr a člen vlády nepřipojil k abdikaci dalších nekomunistických ministrů a zůstal i členem vlády „obrozené Národní fronty“ Klementa Gottwalda po 25. únoru. Podle oficiálního stanoviska spáchal sebevraždu. Okolnosti jeho úmrtí se vyšetřovaly opětovně v letech 1968–1969, 1993–1996. Poslední šetření Úřadu dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu z roku 2003 dospělo k závěru, že Jan Masaryk byl ve svém služebním bytě pravděpodobně zavražděn. Přesto je jeho smrt stále obestřena mnoha nejasnostmi [viz též Praha 2. Pamětní deska Janu Masarykovi].