Pamětní místo je součástí Čestného pohřebiště politických vězňů [viz Praha 8. Čestné pohřebiště politických vězňů]. K prvnímu označení uložení Toufarových ostatků v místě hromadného anonymního pohřebiště došlo z iniciativy příbuzných na jaře 1990, kdy zde umístili kamennou desku. V polovině devadesátých let nad ní Ladislav Kott na paměť umučeného faráře vztyčil polní litinový kříž s nápisem.

Dne 14. listopadu 2014 byly z hromadného hrobu vyzdviženy ostatky kněze Josefa Toufara (1902–1950), který zde byl pohřben 28. února 1950 pod falešným jménem v šachtě XVI, č. 19. Exhumace ostatků byla součástí procesu blahořečení P. Josefa Toufara. Projekt inicioval Miloš Doležal a podpořila ho opakovaná žádost rodiny a číhošťských farníků o exhumaci (v letech 1968 a 1992), katolická církev a Magistrát hl. města Prahy. Uložení ostatků proběhlo 12. července 2015 v Číhošti [viz Číhošť. Hrob Josefa Toufara].

Symbolický hrob Zdeny Mašínové dala v roce 1994 zhotovit její dcera Zdena Mašínová ml. Hrubě opracovaná mramorová deska se zlaceným nápisem je umístěna v části tzv. dětského hřbitova a je součástí úpravy Čestného pohřebiště politických vězňů [viz Praha 8. Čestné pohřebiště politických vězňů].

Zdena Mašínová (1907–1956), manželka podplukovníka Josefa Mašína (1896–1942) [viz Poděbrady. Pamětní deska Josefu Mašínovi a Zdeně Mašínové], byla v roce 1953 zatčena a v roce 1955 odsouzena na dvacet pět let. Zemřela v roce 1956 ve věznici v Pardubicích a byla anonymně pohřbena v jedné ze šachet hromadných hrobů mezi ostatky dětí narozených a zemřelých v 50. letech v pankrácké věznici. V roce 2019 získala Zdena Mašínová ml. (*1933) povolení k exhumaci, aby mohla vyzvednuté ostatky uložit do rodinné hrobky v Lošanech [viz též Lošany. Pamětní deska Josefu Mašínovi], archeologické pátrání ale nebylo úspěšné.

Čestné pohřebiště v severní části Ďáblického hřbitova tvoří symbolické náhrobní desky se jmény 247 politických vězňů, které jsou uspořádány v segmentech oddělených živým plotem a seřazeny podle data úmrtí (na některých deskách jsou chyby v přepisu jmen a dat). Instalace odkazuje na způsob pohřbívání do hromadných hrobů, tzv. šachet. Čestné pohřebiště popravených a umučených z padesátých let – třetí odboj, jak zní oficiální název pietního místa, vzniklo z iniciativy Konfederace politických vězňů a Svazu bývalých politických vězňů v čele s jeho předsedou Stanislavem Stránským. Slavnostnímu odhalení v roce 1992 byl přítomen prezident Václav Havel, o rok později bylo vysvěceno opaty Anastázem Opaskem a Vítem Tajovským. Úprava pietního prostoru byla provedena v letech 1990–1992 podle návrhu architekta Ladislava Šponara. Ústřední památník obětem komunismu znázorňující lidské ruce propletené ostnatými dráty jako symbol věznění a mučení nevinných obětí vytvořil podle návrhu prof. Kargera (USA) sochař Antonín Kulda. Druhá úprava pohřebiště probíhala v letech 1997–2001.

Ukládání ostatků do hromadných hrobů u severní zdi hřbitova probíhalo v letech 1943–1961. Za druhé světové války zde byli pohřbíváni mj. účastníci protinacistického odboje, po válce představitelé nacistické okupační správy a váleční kolaboranti odsouzení k trestu smrti mimořádnými lidovými soudy. Po nástupu komunistického režimu praxe anonymního ukládání ostatků pokračovala. Podle výzkumu Kabinetu dokumentace a historie Vězeňské služby ČR byly v Ďáblicích v letech 1948–1961 pohřbeny ostatky 137 politických vězňů (94 popravených a 43 zemřelých ve výkonu trestu). Součástí pohřebiště jsou i připomínky vzniklé na základě individuálních iniciativ – Josefu Toufarovi [viz Praha 8. Kříž Josefa Toufara] a Zdeně Mašínové [viz Praha 8. Symbolický hrob Zdeny Mašínové], jejíž ostatky budou pravděpodobně, stejně jako v případě číhošťského faráře, z hromadného hrobu vyzvednuty.

Viz též Praha 5. Čestné pohřebiště politických vězňů, Brno-Štýřice. Pomník účastníkům třetího odboje popraveným v letech 1949–1951.