Čestné pohřebiště v severní části Ďáblického hřbitova tvoří symbolické náhrobní desky se jmény 247 politických vězňů, které jsou uspořádány v segmentech oddělených živým plotem a seřazeny podle data úmrtí (na některých deskách jsou chyby v přepisu jmen a dat). Instalace odkazuje na způsob pohřbívání do hromadných hrobů, tzv. šachet. Čestné pohřebiště popravených a umučených z padesátých let – třetí odboj, jak zní oficiální název pietního místa, vzniklo z iniciativy Konfederace politických vězňů a Svazu bývalých politických vězňů v čele s jeho předsedou Stanislavem Stránským. Slavnostnímu odhalení v roce 1992 byl přítomen prezident Václav Havel, o rok později bylo vysvěceno opaty Anastázem Opaskem a Vítem Tajovským. Úprava pietního prostoru byla provedena v letech 1990–1992 podle návrhu architekta Ladislava Šponara. Ústřední památník obětem komunismu znázorňující lidské ruce propletené ostnatými dráty jako symbol věznění a mučení nevinných obětí vytvořil podle návrhu prof. Kargera (USA) sochař Antonín Kulda. Druhá úprava pohřebiště probíhala v letech 1997–2001.

Ukládání ostatků do hromadných hrobů u severní zdi hřbitova probíhalo v letech 1943–1961. Za druhé světové války zde byli pohřbíváni mj. účastníci protinacistického odboje, po válce představitelé nacistické okupační správy a váleční kolaboranti odsouzení k trestu smrti mimořádnými lidovými soudy. Po nástupu komunistického režimu praxe anonymního ukládání ostatků pokračovala. Podle výzkumu Kabinetu dokumentace a historie Vězeňské služby ČR byly v Ďáblicích v letech 1948–1961 pohřbeny ostatky 137 politických vězňů (94 popravených a 43 zemřelých ve výkonu trestu). Součástí pohřebiště jsou i připomínky vzniklé na základě individuálních iniciativ – Josefu Toufarovi [viz Praha 8. Kříž Josefa Toufara] a Zdeně Mašínové [viz Praha 8. Symbolický hrob Zdeny Mašínové], jejíž ostatky budou pravděpodobně, stejně jako v případě číhošťského faráře, z hromadného hrobu vyzvednuty.

Viz též Praha 5. Čestné pohřebiště politických vězňů, Brno-Štýřice. Pomník účastníkům třetího odboje popraveným v letech 1949–1951.

Pamětní deska z tmavého mramoru se zlaceným písmem vznikla z iniciativy zastupitele městské části Praha 7 Ariho Liebermana (DEU). Za účasti představitelů Konfederace politických vězňů byla odhalena 17. listopadu 2001.

Vladivoj Tomek (1933–1960) byl posledním občanem Československa, jenž byl popraven z politických důvodů. Příběh ilegální skupiny, jejíž byl ústřední postavou, je neobvyklý tím, jak dlouho její činnost unikala pozornosti bezpečnostních orgánů. Skupina se zformovala ze spolužáků reálného gymnázia v Praze 7 a členů pražských skautských oddílů. Po letákových akcích jako projevech politického nesouhlasu typických pro studentské prostředí se na počátku 50. let rozhodla vystupňovat své aktivity a připravit se na ozbrojený odpor. Fáze shromažďování zbraní vyvrcholila přepadením vojenské hlídky v prosinci 1952, při němž aktéři ozbrojené akce smrtelně zranili vojína Jaroslava Šmatlavu (1930–1952) [viz Praha 3. Pamětní deska Jaroslavu Šmatlavovi]. Po přechodném útlumu činnosti (bezprostředně po útoku z obavy před prozrazením, poté ukončením studia a odchodem na vojnu) obnovili členové kontakty na počátku roku 1956. Maďarské události je inspirovaly k přípravě nakonec nerealizovaného plánu ozbrojeného vystoupení, které by podnítilo širší protirežimní protesty.

Až do zatčení členů na přelomu let 1959 a 1960 skupina údajně plánovala bombové útoky na budovy národních výborů a stranických sekretariátů, na vládní činitele během veřejných manifestací apod. Zda všechny tyto plány, které figurovaly v obžalovacích spisech, měly reálné pozadí, nebo byly na zatčených vynuceny během vyšetřování, nelze spolehlivě objasnit. Deset členů stanulo ve dnech 11.–16. července 1960 před Městským soudem v Praze. Osm z nich – Vladivoj Tomek, Ladislav Balík, Vladimír Straka, Vladimír Sůva, Ladislav Tonar, Ivo Klempíř, Bohuslav Kučera a Václav Bernát – bylo odsouzeno za velezradu, první čtyři jmenovaní, kteří se zúčastnili přepadení v roce 1952, také za vraždu (Tomek, Balík), resp. loupež (Straka, Sůva). Jaroslava Horáčka a Milana Matějů soud uznal vinnými z napomáhání k velezradě. Vladivoj Tomek jako vůdce skupiny a iniciátor akcí byl odsouzen k trestu smrti a popraven 17. listopadu ve věznici na Pankráci.

Pomník, na jehož vzniku se podílely Česká strana sociálně demokratická, Česká strana národně socialistická a Masarykova demokratická strana, byl odhalen 28. října 2009. Dominuje mu bronzová busta Milady Horákové umístěná na vrcholu mramorového pylonu, pod nímž se na mramorové základně nacházejí bronzové desky se jmény popravených politických vězňů. Autory pomníku jsou sochaři Ctibor Havelka, Milan Knobloch a Jan Bartoš a architekt Jiří Kantůrek. Základní kámen byl odhalen v den výročí narození Milady Horákové 25. prosince 2007; jí je pomník jmenovitě dedikován. Pro vystavění pomníku byla uspořádána sbírka, do níž přispěli i zástupci Komunistické strany Čech a Moravy. Na protest vůči tomuto gestu národního smíření se od pomníkové iniciativy distancovali Konfederace politických vězňů, Klub dr. Milady Horákové i architekt původně vybraného návrhu Jiří Lasovský. Pomník, který byl v době svého vzniku dedikován 234 obětem československého režimu padesátých let, jmenovitě uvádí 178 popravených politických vězňů. Podle iniciátorů pamětního místa není tento výčet  konečný – na základě podnětů veřejnosti jsou připraveni jména doplňovat či upřesňovat.

Nejčastěji uváděné počty politických vězňů popravených v době komunistického režimu vycházejí z údajů Úřadu dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu. Na základě uskutečněných výzkumů se hovoří o 248 popravených z politických důvodů (včetně 13 vysokých komunistických funkcionářů), resp. o 227 (novější korigovaný údaj, který exponenty režimu nezahrnuje). Vyčíslení justičních vražd komunistického režimu znamená i nutnost vyrovnat se s eticky problematickými případy, jejichž posuzování navíc komplikuje prolínání několika rovin, kromě věcně právní také historické i komemorační. Otázka, zda mezi oběti komunismu mají být zahrnuti a zda mají být vzpomínáni, se vztahuje na ty představitele režimu, kteří se aktivně podíleli na roztáčení soukolí politických procesů, jimž nakonec sami podlehli, či popravení spolupracovníci Státní bezpečnosti působící uvnitř ilegálních skupin. Obdobné dilema vzbuzují i hraniční případy násilných aktů spojených s ilegálním prostředím, u nichž je rozlišení mezi kriminálním a politickým pozadím značně obtížné.

Pamětní deska Jaroslavu Šmatlavovi, desátníku in memoriam, byla odhalena v roce 1953 a z rozhodnutí městské části Praha 3 odstraněna při rekonstrukci hřbitovní zdi pravděpodobně v roce 1998. Nápis raženým písmem na desce doplňuje reliéfně ztvárněné vojenské atributy – helma a samopal.

Jaroslav Šmatlava (1930–1952) a další dva vojíni pod vedením desátníka Jaroslava Hýbla byli 16. prosince 1952 v ulici vedoucí podél zdi olšanského Židovského hřbitova přepadeni členy ilegální skautské skupiny Ladislavem Balíkem, Vladimírem Strakou, Vladimírem Sůvou a Vladivojem Tomkem. Cílem přepadení příslušníků strážního oddílu bylo zmocnit se automatických zbraní. Při přestřelce byl Jaroslav Šmatlava smrtelně a Jaroslav Hýbl těžce raněn. Vladivoj Tomek byl v roce 1960 popraven [viz Praha 7. Pamětní deska Vladivoji Tomkovi].