Muzeum třetího odboje je vědeckým a kulturně osvětovým ústavem Konfederace politických vězňů založeným v únoru 1991 a zpřístupněným v květnu 1992.
Muzejní expozice je věnována osudům politických vězňů v uranových dolech v letech 1948–1968, žen odsouzených z politických důvodů ve věznicích v období 1948–1968 a československých občanů odvlečených na sklonku druhé světové války do sovětských gulagů. Muzeum spravuje detašovanou expozici v klášteře premonstrátů v Teplé [viz Teplá. Expozice Duchovenstvo ve věznicích a koncentračních táborech 1948–1989], iniciovalo expozici o práci politických vězňů v uranových dolech na Jáchymovsku, kterou nyní spravuje Muzeum Karlovy Vary [viz Jáchymov. Expozice Koncentrační tábory při uranových dolech na Jáchymovsku 1949–1961]. V letech 1999–2005 se také podílelo na vzniku stálé expozice o komunistické perzekuci v letech 1948–1968 v bývalém vězeňském táboře Vojna [viz Lešetice. Památník Vojna].